Geographical patterning of sixteen goat breeds from Italy, Albania and Greece assessed by Single Nucleotide Polymorphisms.

Pariset, L., Cuteri, A., Ligda, C., Ajmone-Marsan, P., Valentini, A., Econogene Consortium (EC), including, Ibeagha-Awemu, E.M., et les autres (2009). « Geographical patterning of sixteen goat breeds from Italy, Albania and Greece assessed by Single Nucleotide Polymorphisms. », BMC Ecology, 9:20. doi : 10.1186/1472-6785-9-20

Résumé

Contexte. Nous avons utilisé les données sur les SNP des chèvres de trois pays méditerranéens pour nos études de population et la reconstruction des profils géographiques. Nous avons eu recours aux génotypes de 496 chèvres de races italiennes, albanaises et grecques pour évaluer les paramètres de bases de la population. Résultats. Nous avons utilisé 26 SNP, pour un total de 12 896 génotypes analysés. L’analyse statistique montre que les races sont relativement différentes en termes de variabilité génétique, comme l’indiquaient les études faites avec d’autres marqueurs. Le test de Mantel montre une corrélation forte et significative entre la distance génétique et la distance géographique. De plus, l’analyse en composantes principales (ACP) révèle qu’à l’exception des chèvres de l’île grecque de Skopelos, les races sont groupées selon leur origine géographique. Conclusion. Nos données montrent que l’utilisation des marqueurs SNP pour analyser un plus grand échantillon de races pourrait aider à mieux comprendre l’évolution récente de la chèvre domestique. Nous avons constaté une corrélation entre la diversité génétique et la distance géographique. L’ACP a aussi montré que les races sont bien différenciées et qu’il y a une bonne correspondance avec leur emplacement géographique, ce qui confirme la corrélation entre les distances géographique et génétique. Ces résultats laissent supposer que les antécédents de migration de l’espèce ont joué un rôle crucial dans la structure actuelle des races et semblent indiquer que la migration par des voies côtières aurait été plus facile que par l’intérieur des terres. Une voie côtière de migration vers l’ouest, c’est-à-dire vers l’Italie en passant par la Grèce, pourrait avoir donné lieu au flux génique le long de la côte nord de la Méditerranée.