Landscape genomics and biased FST approaches reveal single nucleotide polymorphisms under selection in goat breeds of North-East Mediterranean.
Pariset, L., Joost, S., Marsan, P.A., Valentini, A., Econogene Consortium (EC), including, Ibeagha-Awemu, E.M., et les autres (2009). « Landscape genomics and biased FST approaches reveal single nucleotide polymorphisms under selection in goat breeds of North-East Mediterranean. », BMC Genetics, 10:7. doi : 10.1186/1471-2156-10-7
Résumé
Contexte. Dans cette étude, nous avons comparé les loci atypiques (outlier) trouvés à l’aide d’une méthode FST à ceux identifiés avec une méthode récente d’analyse spatiale (SAM). Nous avons analysé une série de SNP qui avaient été préalablement génotypés et qui provenaient de chèvres de différentes races du sud du bassin méditerranéen (Italie, Grèce, Albanie). Nous évaluons ici l’utilité de la méthode SAM avec les SNP, lesquels sont de plus en plus employés en raison de leur nombre élevé, de leur faible coût de détection et de la facilité du profilage qu’ils offrent. Résultats. L’utilisation combinée des deux méthodes de détection des loci atypiques qui n’avaient jamais été vérifiées avec des SNP a permis d’identifier les trois mêmes loci associés aux paramètres de qualité du lait et de la viande, tandis que la méthode FST, à l’instar de la méthode de balayage sélectif, a permis d’identifier 3 loci de plus chez les races étudiées. Conclusion. Les données obtenues avec les deux méthodes semblent cohérentes, avec des valeurs de FST supérieures à l’intervalle de confiance de 99 %. Comme les méthodes FST et SAM permettent toutes les deux de détecter des signatures de sélection, leur emploi combiné pourrait réduire le risque de faux positifs. Les loci atypiques identifiés dans cette étude pourraient être indicateurs de la variation adaptative chez l’espèce étudiée, caractérisée par un vaste éventail de conditions climatiques dans les régions d’élevage de même que par des antécédents de commerce intense, ce qui sous-entend de la plasticité dans l’adaptation aux nouveaux environnements.
