Large-scale mitochondrial DNA analysis of the domestic goat reveals six haplogroups with high diversity.

Naderi, S., Rezaei, H.R., Taberlet, P., Zundel, S., Rafat, S.A., Naghash, H.R., El-Barody, M.A.A., Ertuǧrul, Okan, Pompanon, F., for the Econogene Consortium, including, Ibeagha-Awemu, E.M., et les autres (2008). « Large-scale mitochondrial DNA analysis of the domestic goat reveals six haplogroups with high diversity. », PLoS ONE, 2(10, Article No. e1012). doi : 10.1371/journal.pone.0001012

Résumé

Contexte. Depuis les débuts de la domestication, le déplacement des animaux domestiques a donné lieu à des processus génétiques et démographiques qui expliquent leur répartition et leur structure génétique actuelles. Ainsi, l’étude de la diversité génétique actuelle permet de mieux comprendre l’histoire des espèces domestiquées. Méthodologie/Principales constatations. La diversité génétique des chèvres domestiques a été caractérisées par l’étude de 2 430 chèvres de toutes les régions de l’Ancien Monde, dont 946 nouveaux animaux de régions jusqu’ici mal étudiées (essentiellement le Croissant fertile). Ces sujets réunissaient 1 540 haplotypes du segment HVI de la région de contrôle de l’ADN mitochondrial (ADNmt). Cette étude de grande envergure a permis d’élaborer une classification claire des haplogroupes maternels caprins. Seulement 5 des 6 groupes d’haplotypes antérieurement définis étaient suffisamment divergents pour être considérés comme des haplogroupes différents. De plus, un nouveau groupe mitochondrial a été trouvé dans le Croissant fertile. Tous les groupes présentaient une très grande diversité haplotypique. Cette diversité s’observait en grande partie dans l’ensemble des groupes et dans les régions géographiques. La faiblesse de la structure géographique pourrait résulter de la répartition mondiale de l’haplogroupe dominant A (plus de 90 % des sujets). La répartition étendue des autres haplogroupes (sauf un) pourrait être liée aux migrations humaines. La récente fragmentation des populations caprines locales en races distinctes n’est pas détectable avec les marqueurs mitochondriaux. L’estimation des paramètres démographiques d’après les analyses des différences génétiques (mismatch analyses) a révélé que tous les groupes ont récemment connu une expansion démographique correspondant à peu près à l’époque de la domestication. Or, même avec de nombreuses données, il est difficile d’établir la datation relative de l’expansion des différents haplogroupes, car les intervalles de confiance sont étendus. Conclusions/Importance. Nous proposons des critères uniformisés pour définir les différents haplogroupes résultats d’après l’analyse des différences génétiques et en fonction de séquences de référence. Cette méthode pourrait aussi servir à clarifier la classification des haplogroupes mitochondriaux d’autres espèces domestiques.