Mechanistic revisions of phenomenological modeling strategies in molecular evolution.

Rodrigue, N. et Philippe, H. (2010). « Mechanistic revisions of phenomenological modeling strategies in molecular evolution. », Trends in Genetics, 26(6), p. 248-252. doi : 10.1016/j.tig.2010.04.001

Résumé

Les sciences physiques reconnaissent depuis longtemps la différence entre la description d’observations et leur explication, avec comme exemple canonique que la mécanique statistique explique la thermodynamique. On dit souvent que les modèles descriptifs sont phénoménologiques, tandis que les modèles explicatifs sont mécanistiques. En ce qui concerne la modélisation de l’évolution moléculaire, les deux approches peuvent être considérées comme reposant sur l’inférence phylogénétique – l’approche phénoménologique ne s’intéressant pas particulièrement aux mécanismes évolutionnaires comme tels – ou comme étant axées sur l’explication du processus évolutionnaire lui-même – l’approche mécanistique. Nous soulignons ici que les deux approches, phénoménologique et mécanistique, sont intrinsèques, quel que soit le modèle. En nous fondant sur la modélisation de la substitution de codons, nous montrons que ce domaine, traditionnellement considéré comme mécanistique, est aussi imprégné de fondements phénoménologiques. À l’aide d’exemples pratiques, nous montrons que la clarification des orientations phénoménologique et mécanistique peut aider à l’élaboration de modèles et nous proposons des pistes de recherche pour les travaux futurs.