Quantitative Fluorescence In Situ Hybridization of Microbial Communities in the Rumens of Cattle Fed Different Diets.

Kong, Y., He, M.L., McAllister, T.A., Seviour, R., et Forster, R.J. (2010). « Quantitative Fluorescence In Situ Hybridization of Microbial Communities in the Rumens of Cattle Fed Different Diets. », Applied and Environmental Microbiology, 76(20), p. 6933-6938. doi : 10.1128/AEM.00217-10

Résumé

Nous ne disposons, à l’heure actuelle, que de peu de données quantitatives sur l’identité et la composition des populations bactériennes du rumen. Nous avons utilisé l’évaluation quantitative de l’hybridation en fluorescence avec des sondes d’oligonucléotides nouvellement conçues pour identifier les populations microbiennes des fractions solide et liquide du digesta ruminal de vaches qui avaient reçu un régime d’ensilage d’orge ou de foin de graminées avec ou sans graines de lin. Les phyla Bacteriodetes, Firmicutes et Proteobacteria étaient abondants dans les deux fractions, constituant de 31,8 % à 87,3 % du nombre total de micro organismes. Ces derniers appartenaient surtout à l’ordre des Bacteroidales (0,1‑19,2 %) [s’hybridant avec les sondes BAC1080], aux familles des Lachnospiraceae (9,3‑25,5 %) et des Ruminococcaceae (5,5‑23,8 %) [s’hybridant respectivement avec les sondes LAC435 et RUM831] ainsi qu’aux classes des Deltaproteobacteria (5,8‑28,3 %) et des Gammaproteobacteria (1,2‑8,2 %). Tous ces micro organismes étaient plus abondants dans les communautés ruminales des animaux qui avaient reçu de l’ensilage (75,2‑87,3 %) que chez ceux dont l’alimentation comprenait du foin (31,8‑49,5 %). L’ajout de graines de lin a réduit l’abondance de ces bactéries dans le rumen des vaches recevant de l’ensilage (à 45,2‎‑58,7 %), sans changer de façon marquée leur abondance chez les vaches recevant du foin (31,8‑49,5 %). Les espèces fibrolytiques dont Fibrobacter succinogenes et Ruminococcus spp., ainsi que les archéobactéries méthanogènes ne représentaient qu’une faible proportion (0,4‑2,1 % et 0,2‑0,6 %, respectivement) du nombre total de micro organismes. Selon le régime alimentaire des animaux, entre 37,0 % et 91,6 % des micro organismes s’hybridaient spécifiquement aux sondes utilisées dans notre étude, ce qui nous a permis de les identifier in situ. L’identité des autres populations microbiennes (8,4‑63,0 %) demeure inconnue.