Functional genomics analysis of the Saccharomyces cerevisiae iron responsive transcription factor Aft1 reveals iron-independent functions.

Berthelet, S., Usher, J., Shulist, K., Hamza, A., Maltez, N., Johnston, A., Fong, Y., Harris, L.J., et Baetz, K. (2010). « Functional genomics analysis of the Saccharomyces cerevisiae iron responsive transcription factor Aft1 reveals iron-independent functions. », Genetics, 185(3), p. 1111-1128. doi : 10.1534/genetics.110.117531

Résumé

Le facteur de transcription Aft1 de Saccharomyces cerevisiae est activé dans les cellules carencées en fer en vue de permettre l’expression des gènes du régulon fer, qui coordonne l’augmentation de l’absorption de fer et modifie le métabolisme de la cellule de manière à ce que celle-ci puisse survivre dans un milieu pauvre en fer. On sait aussi que le facteur Aft1 joue un rôle dans de nombreux processus cellulaires, dont le déroulement du cycle cellulaire et la stabilité des chromosomes. Toutefois, on ne sait pas si tous les effets du facteur Aft1 sur la cellule dépendent de l’homéostasie du fer. Pour déterminer plus précisément les processus sur lesquels agit le facteur Aft1, nous avons isolé plus de 70 mutants de délétion sensibles aux concentrations d’AFT1, par l’identification, avec ou sans dosage, de mutations létales synthétiques à l’échelle du génome. Notre réseau génétique révèle que le facteur de transcription Aft1 influe sur différents processus cellulaires, dont la voie de signalisation du pH (RIM101), la stabilité de la paroi cellulaire et des chromosomes, la réparation des dommages causés à l’ADN, le transport des protéines et la fonction mitochondriale. Curieusement, seule une partie des mutants identifiés sont sensibles aux fluctuations extracellulaires de la concentration de fer ou présentent des interactions génétiques avec les mutants AFT2 ou FET3 (gènes du régulon fer). Avec cette étude, nous avons montré que le facteur Aft1 agit parallèlement à la voie de signalisation du pH (RIM101) et que son rôle dans la réparation de l’ADN est régulé par le fer. Enfin, nos études dirigées et le profilage de la transcription réalisé à l’aide de biopuces à ADN montrent que le rôle du facteur Aft1 dans la stabilité des chromosomes ainsi que dans la résistance au bénomyl est indépendant de son rôle dans la régulation du fer; il pourrait donc s’agir, dans ces cas, d’un mécanisme non transcriptionnel.