Phylogenetic relationships among diploid Aegilops species inferred from 5S rDNA units.

Baum, B.R., Edwards, T., et Johnson, D.A. (2009). « Phylogenetic relationships among diploid Aegilops species inferred from 5S rDNA units. », Molecular Phylogenetics and Evolution, 53(1), p. 34-44. doi : 10.1016/j.ympev.2009.06.005

Résumé

Nous avons étudié les relations entre les 11 espèces diploïdes actuellement reconnues chez le genre Aegilops. Une analyse de la similitude des séquences, fondée sur 363 séquences de clones d’ADNr 5S provenant de 44 obtentions plus 15 séquences provenant de la GenBank, a permis de représenter deux classes unitaires appelées « longue AE1 » et « courte AE1 ». Nous avons appliqué plusieurs méthodes d’analyse différentes pour déduire des relations à l’intérieur de chacun des haplomes, entre les divers haplomes et entre les espèces, don’t les analyses par maximum de parcimonie et maximum de vraisemblance des séquences consensus, l’analyse phylogénétique par « preuve totale » et l’analyse par « représentation matricielle avec parcimonie ». Aucune de ces méthodes n’a pu représenter des séries de marqueurs ou de classes unitaires pouvant distinguer les sept haplomes comme c’est le cas pour les haplomes établis dans d’autres genres appartenant à la tribu des Triticeae; toutefois, la plupart des espèces pouvaient être séparées sur les arbres phylogénétiques. Ces résultats indiquent que les haplomes reconnus actuellement sont si proches qu’ils pourraient être associés à des sous haplomes ou à des variants d’haplome. Le genre Amblyopyrum partage les classes unitaires d’ADNr 5S observées chez les espèces diploïdes d’Aegilops, ce qui indique qu’il en fait partie. Une comparaison des séquences d’Aegilops et de celles de Triticum a montré que la classe unitaire longue AE1 de Ae. Tauschii partage le clade de la classe unitaire longue D1 équivalente, c. à d. le donneur d’haplome D présumé, mais il n’en est pas de même de la classe unitaire courte A1. Les classes unitaires longues AE1 (mais non les courtes) chez Ae. Speltoides et Ae. Searsii partagent le même clade avec les classes unitaires longue [S1 et longue G1 précédemment identifiées, ce qui signifie que les deux espèces d’Aegilops peuvent également être considérées comme des donneurs d’haplome B présumés pour les espèces tétraploïdes de Triticum. Nous discutons de la nature semi conservée de la séquence d’espacement non transcrite chez Aegilops et Triticeae en général en posant l’hypothèse qu’elle pourrait provenir d’une conversion génique incomplète, d’une conversion génique biaisée, ou encore d’une évolution due à un processus de naissance et de mort.