Cloutier, Sylvie, Ph.D.

• Publications de recherche
• Autres publications relatives à la science

Coordonnées :

195, chemin Dafoe
Winnipeg, (Manitoba) R3T 2M9
Téléphone : 204-983-2340
Télécopieur : 204-983-4604
Courriel : sylvie.j.cloutier@agr.gc.ca

Domaines d'expertise :

• banque d'ADN complémentaire
• génomique
• banque de chromosomes bactériens artificiels
• séquençage
• clonage

Projets en cours :

• Construction de cartes physiques de traits importants liés à la qualité des semences
• Identification des gènes de résistance à la maladie du blé par l'utilisation de biopuces dans un jeu ordonné de microéchantillons
• Clonage et séquençage fondés sur la cartographie du gène de la résistance à la rouille brune Lr1
• Génétique moléculaire du système pathogène de la rouille brune : établissement de profils de l'expression des gènes utilisant un jeu ordonné de microéchantillons

Publications de recherche :

2013 :

• Ragupathy, R., You, F.M., et Cloutier, S. (2013). « Arguments for standardizing transposable element annotation in plant genomes. », Trends in Plant Science. doi : 10.1016/j.tplants.2013.03.005
• Soto-Cerda, B.J. et Cloutier, S. (2013). « Outlier Loci and Selection Signatures of Simple Sequence Repeats (SSRs) in Flax (Linum usitatissimum L.). », Plant Molecular Biology Reporter. doi : 10.1007/s11105-013-0568-1

2012 :

• Cloutier, S., Miranda, D.E., Ward, K., Radovanovic, N., Reimer, E., Walichnowski, A.Z., Datla, R.S.S., Rowland, G.G., Duguid, S.D., et Ragupathy, R. (2012). « Simple sequence repeat marker development from bacterial artificial chromosome end sequences and expressed sequence tags of flax (Linum usitatissimum L.). », Theoretical and Applied Genetics (TAG), 125(4), p. 685-694. doi : 10.1007/s00122-012-1860-4
• Cloutier, S., Ragupathy, R., Miranda, D.E., Radovanovic, N., Reimer, E., Walichnowski, A.Z., Ward, K., Rowland, G.G., Duguid, S.D., et Banik, M. (2012). « Integrated consensus genetic and physical maps of flax (Linum usitatissimum L.). », Theoretical and Applied Genetics (TAG), 125(8), p. 1783-1795. doi : 10.1007/s00122-012-1953-0
• Kumar, S., Banks, T.W., et Cloutier, S. (2012). « SNP discovery through next-generation sequencing and its applications. », International Journal of Plant Genomics, 2012(Article No. 831460). doi : 10.1155/2012/831460
• Kumar, S., You, F.M., et Cloutier, S. (2012). « Genome wide SNP discovery in flax through next generation sequencing of reduced representation libraries. », BMC Genomics, 13:684. doi : 10.1186/1471-2164-13-684
• McCallum, B.D., Humphreys, D.G., Somers, D.J., Dakouri, A., et Cloutier, S. (2012). « Allelic variation for the rust resistance gene Lr34/Yr18 in Canadian wheat cultivars. », Euphytica, 183(2), p. 261-274. doi : 10.1007/s10681-011-0519-6
• Tang, J., Bromfield, E.S.P., Rodrigue, N., Cloutier, S., et Tambong, J.T. (2012). « Microevolution of symbiotic Bradyrhizobium populations associated with soybeans in east North America. », Ecology and Evolution, 2(12), p. 2943-2961. doi : 10.1002/ece3.404
• Wang, Z., Hobson, N., Galindo, L., Zhu, S., Shi, D., McDill, J., Yang, L., Hawkins, S., Neutelings, G., Datla, R.S.S., Lambert, G., Galbraith, D.W., Grassa, C.J., Geraldes, A., Cronk, Q.C., Cullis, C., Dash, P.K., Kumar, P.A., Cloutier, S., Sharpe, A.G., Wong, G.K.-S., Wang, J.Y., et Deyholos, M.K. (2012). « The genome of flax (Linum usitatissimum) assembled de novo from short shotgun sequence reads. », Plant Journal, 72(3), p. 461-473. doi : 10.1111/j.1365-313X.2012.05093.x

2011 :

• Aboukhaddour, R., Cloutier, S., Lamari, L., et Strelkov, S.E. (2011). « Simple sequence repeats and diversity of globally distributed populations of Pyrenophora tritici-repentis. », Canadian Journal of Plant Pathology / Revue canadienne de phytopathologie, 33(3), p. 389-399. doi : 10.1080/07060661.2011.590821
• Banik, M., Duguid, S.D., et Cloutier, S. (2011). « Fatty acid desaturase 3A gene controls linolenic acid content in high, moderate and low linolenic acid genotypes of flax (Linum usitatissimum L.). », Genome / Génome, 54(6), p. 471-483. doi : 10.1139/G11-013
• Fofana, B., Cloutier, S., Kirby, C.W., McCallum, J.L., et Duguid, S.D. (2011). « A well balanced omega-6/omega-3 ratio in developing flax bolls after heating and its implications for use as a fresh vegetable by humans. », Food Research International, 44(8), p. 2459-2464. doi : 10.1016/j.foodres.2010.12.018
• Hiebert, C.W., Fetch Jr., T.G., Zegeye, T., Thomas, J.B., Somers, D.J., Humphreys, D.G., McCallum, B.D., Cloutier, S., Singh, D., et Knott, D.R. (2011). « Genetics and mapping of seedling resistance to Ug99 stem rust in Canadian wheat cultivars ‘Peace’ and ‘AC Cadillac’. », Theoretical and Applied Genetics (TAG), 122(1), p. 143-149. doi : 10.1007/s00122-010-1430-6
• Ragupathy, R., Rathinavelu, R., et Cloutier, S. (2011). « Physical mapping and BAC-end sequence analysis provide initial insights into the flax (Linum usitatissimum L.) genome. », BMC Genomics, 12:217. doi : 10.1186/1471-2164-12-217
• Soto-Cerda, B.J., Maureira-Butler, I., Muñoz, G., Rupayan, A.R., et Cloutier, S. (2011). « SSR-based population structure, molecular diversity and linkage disequilibrium analysis of a core collection of flax (Linum usitatissimum L.) varying for mucilage seed-coat content. », Molecular Breeding, 30(2), p. 875-888. doi : 10.1007/s11032-011-9670-y
• Venglat, S.P., Xiang, D., Qiu, S., Stone, S.L., Tibiche, C., Cram, D., Alting-Mees, M., Nowak, J.J., Cloutier, S., Deyholos, M.K., Bekkaoui, F., Sharpe, A.G., Wang, E., Rowland, G.G., Selvaraj, G., et Datla, R.S.S. (2011). « Gene expression analysis of seed development. », BMC Plant Biology, 11:74. doi : 10.1186/1471-2229-11-74

2010 :

• Bromfield, E.S.P., Tambong, J.T., Cloutier, S., Prévost, D., Laguerre, G., van Berkum, P., Van Tran Thi, T., Assabgui, R., et Barran, L.R. (2010). « Ensifer, Phyllobacterium and Rhizobium species occupy nodules of Medicago sativa (alfalfa) and Melilotus alba (sweet clover) grown at a Canadian site without a history of cultivation. », Microbiology, 156(2010), p. 505-520. doi : 10.1099/mic.0.034058-0
• Cloutier, S., Ragupathy, R., Niu, Z., et Duguid, S.D. (2010). « SSR-based linkage map of flax (Linum usitatissimum L.) and mapping of QTLs underlying fatty acid composition traits. », Molecular Breeding, 28(4), p. 437-451. doi : 10.1007/s11032-010-9494-1
• Dakouri, A., McCallum, B.D., Walichnowski, A.Z., et Cloutier, S. (2010). « Fine-mapping of the leaf rust Lr34 locus in Triticum aestivum (L.) and characterization of large germplasm collections support the ABC transporter as essential for gene function. », Theoretical and Applied Genetics (TAG), 121(2), p. 373-384. doi : 10.1007/s00122-010-1316-7
• Faris, J.D., Zhang, Z.-C., Lu, H-J., Lu, S-W., Reddy, L., Cloutier, S., Fellers, J.P., Meinhardt, S.W., Rasmussen, J.B., Xu, S.S., Oliver, R.P., Simons, K.J., et Friesen, T.L. (2010). « A Unique Wheat Disease Resistance-like Gene Governs Effector-Induced Susceptibility to Necrotrophic pathogens. », Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA (PNAS), 107(30), p. 13544-13549. doi : 10.1073/pnas.1004090107
• Fofana, B., Yao, X.-H., Rampitsch, C., Cloutier, S., Wilkins, J.A., et Grégoire Nyomba, B.L. (2010). « Prenatal alcohol exposure alters phosphorylation and glycosylation of proteins in rat offspring liver (p NA). », Proteomics, 10(3), p. 417-434. doi : 10.1002/pmic.200800969
• Ragupathy, R., Banks, T.W., et Cloutier, S. (2010). « Molecular characterization of the Sasanda LTR copia retrotransposon family uncovers their recent amplification in Triticumaestivum (L.) genome. », Molecular Genetics and Genomics, 283(3), p. 255-271. doi : 10.1007/s00438-009-0509-8

2009 :

• Aboukhaddour, R., Cloutier, S., Balance, G.M., et Lamari, L. (2009). « Genome characterization of Pyrenophora tritici-repentis isolates reveals high plasticity and independent chromosomal location of ToxA and ToxB. », Molecular Plant Pathology, 10(2), p. 201-212. doi : 10.1111/j.1364-3703.2008.00520.x
• Cloutier, S., Niu, Z., Datla, R.S.S., et Duguid, S.D. (2009). « Development and analysis of EST-SSRs for flax (Linum usitatissimum L.). », Theoretical and Applied Genetics (TAG), 119(1), p. 53-63. doi : 10.1007/s00122-009-1016-3
• DePauw, R.M., Clarke, F.R., Fofana, B., Knox, R.E., Humphreys, D.G., et Cloutier, S. (2009). « RL4137 contributes preharvest sprouting resistance to Canadian wheats. », Euphytica, 168(3), p. 347-361. doi : 10.1007/s10681-009-9933-4
• Fofana, B.Humphreys, D.G., Rasul, G., Cloutier, S., Woods, S.M., Brûlé-Babel, A.L., Lukow, O.M., et Somers, D.J. (2009). « Mapping quantitative trait loci controlling pre-harvest sprouting resistance in a red x white seeded spring wheat cross. », Euphytica, 165(3), p. 509-521. doi : 10.1007/s10681-008-9766-6
• Wicker, T., Krattinger, S., Lagudah, E.S., Komatsuda, T., Pourkheirandish, M., Matsumoto, T., Cloutier, S., Reiser, L., Kanamori, H., Sato, K., Perovic, D., Stein, N., et Keller, B. (2009). « Analysis of intraspecies diversity in wheat and barley genomes identifies breakpoints of ancient haplotypes and provides insight in the structure of diploid and hexaploid Triticeae gene pools. », Plant Physiology, 149(1), p. 258-270. doi : 10.1104/pp.108.129734
• Zhang, J., Lu, Y., Yuan, Y., Zhang, X., Geng, J., Chen, Y., Cloutier, S., McVetty, P.B.E., et Li, G. (2009). « Map-based cloning and characterization of a gene controlling hairiness and seed coat color traits in Brassica rapa. », Plant Molecular Biology, 69(5), p. 553-563. doi : 10.1007/s11103-008-9437-y

Autres publications relatives à la science :

2013 :

• Kumar, S., You, F.M., et Cloutier, S. (2013). « The 10K+ SNP maps of flax. », Plant & Animal Genome XXI Conference, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, USA, January 12-16, 2013.
• Ragupathy, R., You, F.M., et Cloutier, S. (2013). « Genome-wide comparative analysis of LTR retrotransposon dynamics In flax (Linum usitatissimum) and Its related genomes, cassava (Manihot esculenta) and poplar (Populus trichocarpa). », Plant & Animal Genome XXI Conference, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, USA, January 12-16, 2013.
• You, F.M., Kumar, S., Banik, M., Ragupathy, R., Deyholos, M.K., Fu, Y.B., Sharpe, A.G., et Cloutier, S. (2013). « Ordering the draft genome sequence of flax (Linum usitatissimum). », Plant & Animal Genome XXI Conference, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, USA, January 12-16, 2013.

2012 :

• Cloutier, S., Banik, M., You, F.M., Radovanovic, N., Miranda, D.E., Reimer, E., Ward, K., Walichnowski, A.Z., Rowland, G.G., et Duguid, S.D. (2012). « High Density SSR- and SNP-based Genetic Maps of Flax. », Plant & Animal Genome XX Conference, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, USA, January 14-18, 2012. (Affiche)
• Kumar, S., You, F.M., et Cloutier, S. (2012). « High density genetic maps for flax. », Genomics: The Power and the Promise, the Gairdner Foundation and Genome Canada, Ottawa, ON, Canada, November 27-28, 2012.
• McCallum, B.D., Hiebert, C.W., Huerta-Espino, J., et Cloutier, S. (2012). « Wheat Leaf Rust. », dans Sharma, I. (dir.) - Disease Resistance in Wheat. CABI Plant Protection Series, CABI Publishing, Wallingford, UK, Chapitre 3, p. 33-63.

2011 :

• Selvaraj, K., Ghose, K., Nixon, M., Cloutier, S., et Fofana, B. (2011). « Molecular and functional characterization of flax SDG lignan glycosyltransferases. », Canadian Society of Plant Physiologists Eastern Regional Meeting & Plant Development Workshop / Congrès de la Société Canadienne de Physiologie Végétale & Congrès de Développement Végétale (Congrès Régional de l’Est), Carleton University, Ottawa, ON, Canada, December 2-3, 2011, P22, p. 40.

2010 :

• Fofana, B., Ragupathy, R., et Cloutier, S. (2010). « Flax Lipids: Classes, biosynthesis, genetics and the promise of applied genomics for understanding and altering of fatty acids. », dans Gilmore, P.L. (dir.) - Lipids: Categories, Biological Functions and Metabolism, Nutrition, and Health, Nova Science Publishers Inc, Chapitre 3, p. 71-98.

2009 :

• Bromfield, E.S.P., Tambong, J.T., Cloutier, S., Prévost, D., Laguerre, G., van Berkum, P., Van Tran Thi, T., Assabgui, R., et Barran, L.R. (2009). « Novel bacterial genotypes isolated from nodules of Medicago sativa and Melilotus alba at a Canadian site without a history of legume cultivation. », 3rd Congress of European Microbiologists (FEMS 2009), Gothenburg Convention Centre, Gothenburg, Sweden, June 28-July 2, 2009, p. 451. (Résumé)