Baum, Bernard, M.Sc., Ph.D., MSRC

• Publications de recherche
• Autres publications relatives à la science

Coordonnées :

960, av. Carling
Ottawa, (Ontario) K1A 0C6
Téléphone : 613-759-1821
Télécopieur : 613-759-1701
Courriel : bernard.baum@agr.gc.ca

Domaines d'expertise :

• systématique moléculaire
• orge
• catégories de qualité des cultivars de blé
• relations évolutives dans les triticées (poacées)
• évaluation moléculaire de l'orge (hordeum)
• plantes médicinales - échinacée
• avoine
• séquençage de l'ADN
• identification génétique
• caractérisation génomique
• taxinomie moléculaire des cultures
• systématique des plantes
• cultures céréalières - blé
• identification des cultivars
• bioinformatique

Projets en cours :

• Élaboration de méthodes de détection et de caractérisation des allergènes présents dans les aliments
• Plantes : produire de nouvelles données sur la taxonomie, la phylogénie, la distribution et la biologie des plantes, dont la recherche systématique liée au développement de cultures et de bioproduits nouveaux et actuels, d'espèces exotiques envahissantes et des effets des plantes génétiquement modifiées
• Établissement et maintien de collections et de bases de données de référence sur les plantes et les champignons : Collection nationale de plantes vasculaires d'AAC et herbier national de mycologie. Soutien à la Collection des cultures fongiques canadiennes
• Élaboration des capacités, des outils de détection et d'identification rapides de la phylogénomique pour les céréales et les plantes sauvages apparentées, particulièrement les cultivars
• Identification, information et formation précises associées à la recherche scientifique et à la protection de la biodiversité

Affiliations :

• Professeur auxiliaire, Université de Waterloo
• Professeur affilié, Université d'Ottawa
• Conseiller de thèse, Université de Chulalongkong, Bangkok, Thaïlande

Publications de recherche :

2012 :

• Baum, B.R. et Bailey, L.G. (2012). « Genetic diversity in the Red wild einkorn: T. urartu Gandilyan (Poaceae: Triticeae). », Genetic Resources and Crop Evolution, 60(1), p. 77-87. doi : 10.1007/s10722-012-9817-7
• Baum, B.R., Edwards, T., Mamuti, M., et Johnson, D.A. (2012). « Phylogenetic relationships among the polyploid and diploid Aegilops species inferred from the nuclear 5S rDNA sequences (Poaceae: Triticeae). », Genome / Génome, 55(3), p. 177-193. doi : 10.1139/G2012-006
• Baum, B.R., Edwards, T., Ponomareva, E., et Johnson, D.A. (2012). « Are the Great Plains wildrye (Elymus canadensis) and the Siberian wildrye (Elymus sibiricus) conspecific? A study based on the nuclear 5S rDNA sequences. », Botany / Botanique, 90(6), p. 407-421. doi : 10.1139/B2012-013
• Petchsri, S., Boonkerd, T., et Baum, B.R. (2012). « Phenetic study of the Microsorum punctatum complex (Polypodiaceae). », ScienceAsia, 38(1), p. 1-12. doi : 10.2306/scienceasia1513-1874.2012.38.001

2011 :

• Baum, B.R., Yang, J.L., Yen, C., et Agafonov, A.V. (2011). « A taxonomic synopsis of the genus Campeiostachys Drobov. », Journal of Systematics and Evolution, 49(2), p. 146-159. doi : 10.1111/j.1759-6831.2010.00106.x
• Reid, L.M., Xiang, K., Zhu, X., Baum, B.R., et Molnar, S.J. (2011). « Analyse de la diversité génétique de 119 lignées autogames de maïs canadiennes d’après la généalogie et les marqueurs SSR. », Canadian Journal of Plant Science, 91(4), p. 651-661. doi : 10.4141/cjps10198

2010 :

• Barkworth, M.E., Baum, B.R., Buck, W.R., Challis, K.M., Chapman, A.D., Dorr, L.J., Fortunato, R.H., Fraser, S., Glen, H.F., Head, M.J., Hörandl, E., Holland, D., Hollowell, V.C., Kirk, P.M., Kirkbride Jr., J.H., Knapp, S., Loizeau, P.A., Marhold, K., Phillipson, P., Schäfer, P.A., Stevens, P.F., Turland, N.J., Watson, M.F., et Wilson, K.L. (2010). « (203-213) Proposals to permit electronic publications to be effectively published under specified conditions. », Taxon, 59(6), p. 1907-1908.
• Baum, B.R. et Feldman, M. (2010). « Elimination of 5S DNA unit classes in newly formed allopolyploids of the genera Aegilops and Triticum. », Genome / Génome, 53(6), p. 430-438. doi : 10.1139/G10-017
• Baum, B.R. et Johnson, D.A. (2010). « The application of cophylogenic tools to gene sets. », Taxon, 59(6), p. 1843-1852.
• Baum, B.R., Edwards, T., et Johnson, D.A. (2010). « Codependence of repetitive sequence classes in genomes: phylogenetic analysis of 5S rDNA families in Hordeum (Triticeae: Poaceae). », Genome / Génome, 53(3), p. 180-202. doi : 10.1139/G09-096
• El Ouakfaoui, S., Schnell, J.A., Abdeen, A., Colville, A., Labbé, H., Han, S., Baum, B.R., Laberge, S., et Miki, B.L.A. (2010). « Control of somatic embryogenesis and embryo development by AP2 transcription factors. », Plant Molecular Biology, 74(4-5), p. 313-326. doi : 10.1007/s11103-010-9674-8
• Peng, Y.-Y., Baum, B.R., Ren, C.Z., Jiang, Q.-T., Chen, G-Y., Zheng, Y.-L., et Wei, Y.-M. (2010). « The evolution pattern of rDNA ITSin Avena and phylogenetic relationship of the Avena species (Poaceae: Aveneae). », Hereditas, 147(5), p. 183-204. doi : 10.1111/j.1601-5223.2010.02172.x
• Peng, Y.-Y., Wei, Y.-M., Baum, B.R., Jiang, Q.-T., Lan, X.-J., Dai, S.-F., et Zheng, Y.-L. (2010). « Phylogenetic investigation of Avena diploid species and the maternal genome donor of Avena polyploids. », Taxon, 59(5), p. 1472-1482.
• Peng, Y.-Y., Wei, Y.-M., Baum, B.R., Yan, Z.-H., Lan, X.-J., Dai, S.-F., et Zheng, Y.-L. (2010). « Phylogenetic inferences in Avena based on analysis of FL intron2 sequences. », Theoretical and Applied Genetics (TAG), 121(5), p. 985-1000. doi : 10.1007/s00122-010-1367-9
• Wang, J.-R., Pu, Z.-E., Lan, X.-J., Baum, B.R., Yan, Z.-H., Zheng, Y.-L., et Wei, Y.-M. (2010). « Phylogenetic analysis of the dimeric alpha-amylase inhibitor sequences from an orthologous region in 21 different genomes of the tribe Triticeae (Poaceae). », Biochemical Systematics and Ecology, 38(4), p. 708-714. doi : 10.1016/j.bse.2010.05.004

2009 :

• Baum, B.R., Edwards, T., et Johnson, D.A. (2009). « Phylogenetic relationships among diploid Aegilops species inferred from 5S rDNA units. », Molecular Phylogenetics and Evolution, 53(1), p. 34-44. doi : 10.1016/j.ympev.2009.06.005
• Chatan, W., Boonkerd, T., et Baum, B.R. (2009). « Phenetic Relationship Between Lepisorus (J.Sm.) Ching (Pteridophyta: Polypodiaceae) and Its Related Genera. », Bangladesh Journal of Plant Taxonomy, 16(2), p. 99-113. doi : 10.3329/bjpt.v16i2.3924
• Cook, R.E., Semple, J.C., et Baum, B.R. (2009). « A multivariate morphometric analysis of Solidago subsect. Glomeruliflorae (Asteraceae: Astereae). », Botany / Botanique, 97(1), p. 97-111. doi : 10.1139/B08-118
• Li, W.-T., Peng, Y.-Y., Wei, Y.-M., Baum, B.R., et Zheng, Y.-L. (2009). « Relationships among Avena species as revealed by consensus chloroplast simple sequence repeat (ccSSR) markers. », Genetic Resources and Crop Evolution, 56(4), p. 465-480. doi : 10.1007/s10722-008-9379-x
• Petchsri, S., Boonkerd, T., et Baum, B.R. (2009). « A First Record of Microsorum musifolium Copel. (Polypodiaceae) from Thailand. », Natural History Journal of Chulalongkorn University, 9(1), p. 99-104.
• Yang, J.L., Baum, B.R., et Yen, C. (2009). « A revision of the genus Roegneria K. Koch (Triticeae: Poaceae). », Journal of Sichuan Agriculture University / Sichuan nongye daxue xuebao, 26, p. 311-381.
• Yen, C., Yang, J.L., et Baum, B.R. (2009). « Synopsis of Leymus (Triticeae: Poaceae). », Journal of Systematics and Evolution, 47(1), p. 67-86. doi : 10.1111/j.1759-6831.2009.00004.x

Autres publications relatives à la science :

2012 :

• Baum, B.R. (2012). « A taxonomists view on genomic authentication. », dans Sucher, N.J., Hennell, J.R., and Carles, M.C. (dir.) - Plant DNA Fingerprinting and Barcoding: Methods and Protocols, Humana Press Inc, USA.
• Baum, B.R. et Smith, J.P. Jr. (2012). « Avena Oats. », dans Baldwin, B.G., Goldman, D.H., Keil, D.J., Patterson, R., and Rosatti, T.J. (dir.) - The Jepson Manual: Vascular Plants of California, 2nd Edition, University of California Press, USA.
• Pietrzak, L.N., Neves, E., Matwin, S., Baum, B.R., Parisien, I.D., et Gale, J. (2012). « Nonlinear quality modeling of Eastern Canadian winter wheat. », 2012 International Annual Meeting of the American Association of Cereal Chemists (AACC), Hollywood, FL, USA, September 30-October 3, 2012, Published in: Supplement Cereal Food World, 57(4) A65. (Résumé)

2011 :

• Baum, B.R. (2011). « New method to test whether the DNA sequences two or more genes can be concatenated prior to the calculation to infer phylogenetic relationships. », Sichuan Agricultural University, Chengdu, Sichuan, China, October 21, 2011. (Présentation)
• Baum, B.R. et Johnson, D.A. (2011). « Application of cophylogenetic tools to gene sets. », 15th Evolutionary Biology Meeting, Marseilles, Marseilles, France, September 27-30, 2011, publié dedans Book of Abstracts: 173, pp. 204, Poster #47. (Présentation)
• Baum, B.R. et Johnson, D.A. (2011). « Application of cophylogenetic tools to gene sets. », BioSystematics Berlin 2011, Berlin, Germany, February 21-27, 2011, publié dedans Borsch, T., Giere, P., Hoffmann,J., Jahn, R., Löhne, C., Nordt, B., Ohl, M. (eds.) Biosystematics 2011, Berlin, Programme and Abstracts, 434, Talk S46. (Présentation)

2010 :

• Agafonov, A.V., Baum, B.R., Yen, C., et Yang, J.L. (2010). « Delimiting taxonomy of the genus Elymus (Triticeae: Poaceae) inferred from genomic system of classification. », dans Timonin, A.K. (dir.) - XII Moscow Plant Phylogeny Symposium dedicated to the 250th anniversary of Professor Georg Franz Hoffmann, KMK Scientific Press Ltd., Moscow, Russia, p. 94-97.
• Reid, L.M., Zhu, X., Baum, B.R., Xiang, K., Voloaca, C., et Woldemariam, T. (2010). « Heterotic groups of Canadian maize inbred lines based on pedigree and SSR markers. », Maize Genetics Cooperation Newsletter, 84(48), p. 1-7. (Bulletin)